離子色譜儀在環境監測中應用最早的是降水監測，因為利用離子色譜儀進行監測，能夠減少監測時間，增加其監測的精確度，且其監測實驗操作簡單快捷。離子色譜儀應用于水和廢水、空氣和廢氣中相關污染物的監測也凸顯了它的優勢。
        在文獻上看到了利用離子色譜儀測定空氣中的氯化氫方法：
      第一，先采樣環境空氣樣品，串聯 2 支各裝 10ml 吸收液的大型氣泡吸收管，以 1L/min流量，采集 60min ；第二，將 2 支吸收管中的樣品分別移入 10ml具塞比色管中，用少量淋洗液洗滌吸收管內壁，淋洗液一并移入比色管，稀釋至于標線，搖勻。
      其次，將試樣用 0.45μm 的乙酸纖維微孔濾膜過濾得到濾料，保持到離子色譜儀在大氣環境監測中的應用四氟乙烯或聚乙烯塑料瓶中。做好這些準備工作，就可以應用離子色譜儀對其進行監測，監測過程中離子色譜只需要用少量的淋洗液以及再生液即可，無需過多的試劑，監測操作十分簡單，并且監測實驗用量少，可以減少因實驗對造成的環境污染。
      傳統的分析方法是硫氰酸汞分光光度法（HJ/T27-1999），當采樣體積為 10L 時，最低檢出濃度達 0.9mg/m³，當采樣體積為 60L 時，最低檢出濃度達 0.05mg/m³，使用離子色譜儀，當采樣體積為 10L 時，離子色譜儀的方法最低檢出濃度達 0.5mg/m³，當采樣體積為 60L 時，離子色譜儀的方法最低檢出濃度達0.003mg/m³。

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